Az üzleti alapon újjászerveződő magyar labdarúgás szakmai és média körei az FC Sopront minta egyesületként tartják számon. A klub az elmúlt évtizedben amatőr egyesületből profi sportszervezetté vált.
A 2000 július végén elkezdődött kvalifikációs bajnokság küzdelem sorozatából (14 mérkőzés) 4. helyen 55%-os teljesítménnyel a klub bejutott a 12 legjobb magyar labdarúgó csapat által létrehozott elitligába ( Borsodi Liga )
Csapatunk januárban részt vett a Nemzeti Teremlabdarúgó Kupán, majd március 12-én folytatódott a Borsodi Liga, küzdelem sorozata. A tavaszi szezon 17 fordulójában a Matáv Compaq Sopron 7 győzelmet, 3 döntetlent és 7 vereséget könyvelhetett el, 21 rúgott 23 kapott góllal a 9. helyen fejezte be a bajnokságot.
A klub azzal a céllal kezdte meg szereplését a Borsodi Ligában, hogy a Matáv Rt. és Sopron Megyei Jogú Város elvárásainak megfelelően az első év biztos bennmaradását követően a 2001/2002-es bajnoki szezonban az 1-8 hely valamelyikét szerezze meg. A klubnak szurkoló és vele szimpatizáló közvélemény valamint szponzoraink elégedetten nyugtázhatták, hogy az első évben a csapat elé kitűzött célokat szakmai stábunk vezetésével labdarúgóink maradéktalanul megvalósították.
A 2001 augusztusában kezdődő Nemzeti Bajnokságban csapatunk megerősített kerettel vágott a küzdelem sorozatba. A Ferencváros bajnokcsapatától ekkor kerül Sopronba Csiszár Ákos és a kitűnő center, Tóth Mihály, aki a bajnokság végéig megszerzett 17 találatával, igazolva képességeit, holtversenyben a harmadik legjobb góllövő lett.
December elején befejeződött őszi szezonban nem sikerült a klubvezetés által célként megjelölt legjobb nyolcba kerülés, ezért a Felügyelő Bizottság felmentette Reszeli-Soós István vezetőedzőt, aki másfél évig irányította a csapat szakmai munkáját.
2001. december 12-én került bemutatásra új vezetőedzőnk, Simon Tibor. 2002 tavaszán a bajnoki alapszakasz 3. körével folytatódó küzdelemsorozatban csapatunk a kilencedik helyről folytatta a bajnokságot. A kiemelkedő szereplés fiatal vezetőedzőnk tragikus haláláig tartott. 4 győzelem, 3 döntetlen és 2 vereség után májusban immáron Bognár Györggyel nem tudtuk folytatni sikerszériánkat, hiszen 5 döntetlen mellett az utolsó fordulóban vereséget szenvedve lecsúsztunk a 9. helyre.
A 2002/03 évi bajnokság 4 vesztes mérkőzését követően a csapat szakmai munkájáért felelős Bognár György lemondott posztjáról. Szeptember 4-én került kinevezésre Komjáti András.
A válsághelyzetben lévő csapat az új tréner vezetésével megerősítette tagságát a középmezőnyben és egyenletes teljesítményt nyújtva maradt tagja az élvonalnak.
2003. májusában sikeresen zárultak azok a tárgyalások, amelyek a 100%-os egyesületi tulajdonhányadot megbontotta, s 3 új tulajdonos ( Sopron MJV Önkormányzata, Antók Zoltán, Gőbl Gábor ) belépésével megtörtént a klub privatizációjának első szakasza. Változás történt a klub szakmai stábjában is.
Csapatunk szakvezetője az UEFA PRO licences diplomával rendelkező fiatal, ambiciózus Pintér Attila lett, aki 37 évesen edzőként klubunknál debütált az élvonalban. A reményteljes őszi szereplés után 2003. decemberében Pintér Attila elfogadta a Ferencváros invitálását így a klubvezetés újabb edzőváltásra kényszerült.